Menyemak, meneliti dan menilai kertas siasatan yang dikemukakan oleh Pegawai Penguat Kuasa Agama bagi memastikan siasatan dijalankan secara lengkap, teratur, berfakta dan mematuhi peruntukan undang-undang syariah serta tatacara jenayah yang berkuat kuasa. Dalam pelaksanaan fungsi ini, bahagian ini bertanggungjawab memberikan nasihat perundangan, syor serta arahan yang bersesuaian kepada Penguat Kuasa Agama berhubung keperluan siasatan lanjut, penambahbaikan keterangan, atau tindakan susulan yang perlu diambil sebelum sesuatu pertuduhan difailkan di Mahkamah Syariah.

Selain itu, bahagian ini turut mengendalikan dan melaksanakan semua prosiding jenayah syariah merangkumi peringkat Mahkamah Rendah Syariah, Mahkamah Tinggi Syariah dan Mahkamah Rayuan Syariah di seluruh Negeri Johor. Tanggungjawab ini termasuk penyediaan dan pemfailan pertuduhan, pengurusan kes, pembentangan hujahan, pemeriksaan saksi, pengendalian perbicaraan serta pengurusan rayuan dan semakan kehakiman, bagi memastikan setiap prosiding dijalankan secara adil, telus, profesional dan berlandaskan prinsip keadilan syariah.