Bahagian ini bertanggungjawab menerima, menyemak dan merekodkan semua kes jenayah syariah yang dikemukakan oleh Pegawai Penguat Kuasa Agama, termasuk memastikan setiap kes didaftarkan secara teratur, lengkap dan sistematik mengikut prosedur serta peruntukan undang-undang yang berkuat kuasa.

Selain itu, bahagian ini juga menguruskan pendaftaran dan penyelarasan kes di semua peringkat mahkamah berkaitan, iaitu Mahkamah Rendah Syariah, Mahkamah Tengah, Mahkamah Tinggi Syariah, Mahkamah Rayuan Syariah serta Majlis Rayuan Syariah, termasuk pengurusan dokumentasi, penetapan tarikh prosiding, pemantauan status kes dan penyelarasan tindakan susulan bagi memastikan kelancaran perjalanan kes di setiap peringkat perbicaraan.

Bahagian ini turut bertanggungjawab menyediakan, mengawal selia dan menyelaras laporan statistik kes jenayah syariah secara bulanan dan tahunan, merangkumi data pendaftaran kes, status perbicaraan, keputusan mahkamah dan trend kesalahan. Laporan statistik ini digunakan sebagai rujukan pengurusan, perancangan strategik, pemantauan prestasi serta pelaporan kepada pihak berkuasa berkaitan, bagi menyokong tadbir urus yang telus dan berkesan dalam pengurusan pendakwaan syariah di Negeri Johor.